Web改ざんチェックサービスで解析ページ数が100ページを超えるとどうなりますか？

100ページ以上はチェック出来ません。
管理画面ではチェックをしたURL一覧が閲覧出来ますので、チェック対象に指定したURLとチェック済みURLを比較することで、チェック出来なかったURLをご確認ください。